自康熙十五年一场巨大的水患之后，年轻的康熙帝设科开举招纳治河贤才，二十四岁的落第举子陈潢脱颖而出，长于治河。年轻的康熙帝不拘一格，将他简拔而出。陈潢与同样有志于治河的靳辅搭档，跨越半个世纪的栉风沐雨，历经了康熙朝几次大政治风波。年轻敢言的陈潢死于奸臣结党的污蔑之下，临死前留下治河名著——《河防述要》。康熙五十一年，台湾收复，准格尔平定，黄河安澜，河水转清。康熙帝探访扬州，见到了河神庙。庙中塑着靳辅、陈潢的像，仁人志士，遗爱自在民间。
黄元帅（朱雨辰 饰）和杜小雨（焦俊艳 饰）是一对曾经感情非常恩爱的夫妻，然而随着时间的推移，当初的激情慢慢的褪去，生活中大小琐事矛盾不断积累，最终，对婚姻和两人的关系失去了信心的他们决定离婚。之后，黄元帅在机缘巧合之下和发小李环宇（戚九洲 饰）、小舅子杜捐（姜超 饰）一拍即合，三人住进了同一屋檐下，并将他们的小家称之为侏罗纪公园。
明朝天启年间，左都御史杨涟因得罪魏忠贤含冤入狱，魏忠贤授意东厂及锦衣卫秘密将杨家灭门，徐长卿受王冬青所托秘密救援杨涟孙女杨紫萱，长卿舍身护送紫萱从应山府逃到龙泉村同仁医馆投靠刘谦，刘谦感念恩师杨涟恩情，将紫萱收作关门弟子细心照顾并传授其医学知识，此后几个人将医馆生意打理的井井有条，没想到却引来同行郎中吴南星的嫉妒，最后惊动魏忠贤党羽，魏忠贤得知杨紫萱踪迹派出多批杀手奔医馆而来，只为将杨家孤女紫萱和账本（杨涟所留魏忠贤通敌）一同斩草除根……江湖风云又起。
