叶罗丽仙境是一个平行世界，女王曼多拉统治着这里。因为人类大肆的破坏自然环境，威胁到了仙境的存亡与仙子的安危，曼多拉决定向人类世界发动战争。
7年前，一颗核弹将浣熊市的一切隐藏在历史之中。7年后的今天，美国中西部城市哈佛维尔，参议员朗•戴维斯因群众抗议其与威法玛公司的关系而被困飞机场。正当他乔装打扮准备离开之时，一位抗议者咬死了参议员的警卫。这位抗议者竟然是T病毒感染者！“浣熊市事件”幸存者， 克莱尔•雷德菲尔德在机缘巧合下救出议员，不想这时一架飞机冲向候机大厅。推开机门的，竟是一个个T病毒感染者！政府迅速采取对策，里昂•S•肯尼迪——“浣熊市事件”的另一位幸存者，奉命前来支援。浣熊市的悲剧是否会重演？事件的幕后黑手又在盘算什么样的阴谋？根据游戏改编的全CG电影《生化危机：恶化》将作出解答。
水族箱里诞生了4条小鱼，其中包括哈罗德的女儿伊莎贝尔。伊莎贝尔的身上长着不好看的斑点还缺失了一些鳞片，她的长相遭到鱼群的其他成员嘲笑。鱼群首领瑟斯顿要求哈罗德必须把伊莎贝尔藏起来否则被人来发现将会把他们丢进大海里。贪玩的伊莎贝尔还是被人类发现了，她和哈罗德一起被丢进浩瀚无边的大海里。海上突如其来的巨大风浪使得水族箱里的鱼都掉进大海,一时之间，伊莎贝尔和哈罗德失散了。伊莎贝尔偶遇了艾普尔并结识了一群长相奇特的鱼，它们皆因外在缺陷被同族排挤。在艾普尔的带领下，伊莎贝尔和其它鱼准备穿越火山抵达珊瑚礁寻找哈罗德。另一边，哈罗德在海黄瓜卡尔的陪同下找寻女儿未果，伤心欲绝，随鱼群离去。成功穿越火山的伊莎贝尔在珊瑚礁与哈罗德相遇，而珊瑚礁女王的出现更令父女惊喜，原来女王竟是伊莎贝尔的妈妈。一家人欢聚在一起。
