在充满音乐风情的城市-加音町成长的青梅竹马北条响和南野奏,虽然升上国中后的二人个性总是不合,但却因着相同的兴趣“音乐”而有了连结。某天响与奏正巧在旧歌剧院撞见时,音乐王国“大调岛”的精灵-哈咪出现了,为了不让“小调岛”的敌人继续将传说的乐谱中“幸福的旋律”变成“不幸的旋律”音符,所以找寻能够以“高音谱记号”变身为光之美少女的响与奏。以二人合而为一的正义之心,一齐找寻飞散到人间的旋律音符,和小调岛的敌人来场音符抢夺战!
所谓“炼金术”,即通过不同组合产生“金”的技术。人工孕育“生物”的尝试亦作为神秘研究之一,种种实验将在不为人知的现代为舞台展开故事。本故事的关键在于纠合了炼金术中最高技术的产物“人工生命体(怪物)Chemy”,作为被保管在名为“Ride Chemy Card”的卡牌之中的101个生命体,Chemy为模仿蚱蜢、SL(蒸汽火车)等世上存在的万物所制造。 但是,本应被慎重保管着的它们却突然从卡牌中冒出,一齐遭到释放。偶然被卷入该事件的主人公为高中生 · 一之濑宝太郎,被托付了假面骑士Gotchard的变身腰带“Gotchar驱动器”,与回收散落于世间的Chemy的使命。